본사를 지방으로 이전한 후 업종이 추가된 경우 감면 중복지원 배제 여부

본사 지방이전 후 기존 업종과 추가된 업종에 대해 구분경리 하는 경우, 기존 업종에 대해 조특법§63의2에 따른 본사의 지방이전 감면과 추가된 업종에 대해 조특법 §7에 따른 중소기업 특별세액감면은 중복지원이 아니므로 각각 적용할 수 있음

[회신] 수도권과밀권역에 본사를 두고 3년 이상 도매업을 영위하던 법인이 본사를 지방으로 이전한 후 제조업을 추가 영위하며 업종별로 구분경리를 하는 경우, 도매업에서 발생하는 소득에 대해서는 ｢조세특례제한법｣ 제63조의 2에 의한 법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면을 적용하고, 이전 후 추가한 제조업에서 발생하는 소득에 대해서는 ｢조세특례제한법｣ 제7조 중소기업특별세액감면을 각각 적용받을 수 있는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 질의법인은 2015년 10월 본사를 서울 **구 에서 충북 **군으로 이전하고, 폴리우레탄, 화학제품 등 도소매업에 대해 조세특례 제한법 제63조의2 규정에 의해 본사의 지방이전감면을 적용받았음 ○ 질의법인은 본사의 지방 이전 후 제조업을 추가하였으며, 추가 업종에 대해서는 감면을 적용하지 아니하였음 2. 질의내용 ○ 법인이 본사를 지방으로 이전한 후 업종을 추가하여 각각 구분경리 를 하는 경우 조세특례제한법 제63조의2 에 따른 본사의 지방이전감면 과 조세특례제한법 제7조 에 따른 중소기업특별세액감면을 각각 적용할 수 있는지 여부 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제63조의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】(2002.12.11. 법률 제6762호) ① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "수도권외 지역이전법인"이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면 받을 수 있다. 다만, 대통령령이 정하는 부동산업과 소비성서 비스업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2000.12.29, 2001.12.29, 2002.12.11> 1. 수도권 과밀억제권역안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 5년이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것 2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권외의 지역(공장시설을 광역시 로 이전하는 경우에는 산업입지및개발에관한법률에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2005년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 공장 또는 본 사를 신축하여 이전하는 경우에는 그 부지를 취득한 날부터 3년 이내 에 이전하여 사업을 개시할 것(2005년 12월 31일 이전에 공장 또는 본사의 부지를 취득하고 그 취득일이 속하는 과세년도의 과세표 준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다) ② 수도권외 지역이전법인은 다음 각호의 소득에 대하여 이전일이 속 하는 과세년도와 그 다음 과세년도의 개시일부터 5년이내에 종 료하는 과세년도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다음 5년이내 에 종료하는 과세년도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2000.12.29, 2001.12.29, 2002.12.11> 1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득 2. 본사를 이전한 경우에는 과세년도별로 가목의 금액에 나목 및 다 목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득 가. 당해 과세년도의 과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익(주택을 신축하여 판매하는 법인이 대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득을 제외한다)을 차 감한 금액 나. 당해 과세년도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율 다. 당해 과세년도 이전본사 근무인원이 수도권안의 본사 근무인원 과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율(동 비율이 100분의 50 미만인 경우에는 이를 령으로 본다) 3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 당해 과세년도의 소 득금액을 한도로 한다. ○ 조세특례제한법 제63조의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】(법률 제11133호, 2011.12.31.) ⑩ 제1항ㆍ제2항ㆍ제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하 던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다.(신설) ○ 조세특례제한법 제63조의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】(법률 제13560호, 2015.12.15.) ⑩ 제1항ㆍ제2항ㆍ제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장 또는 본 사 에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장 또는 본사에서 영위하는 업종이 각각 같아야 한다. ○ 조세특례제한법 제63조의2 (법률 제13560호, 2015.12.15.) 부칙 제1조 (시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다 제2조 (일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. ○ 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】(법률 제17073호, 2020.3.23.) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서 는 2020년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액(제3호에 따라 계산한 금액을 한도로 한다) 을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 에 있는 경우 에 는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호 에 따른 감면 비율 을 적용한다. 1. 감면 업종 2. 감면 비율 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다) 이 도 매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장: 100분의 10 나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20 다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등 을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 30 라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다) 이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장: 100분의 5 마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장: 100분의 10 바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등 을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 15 3. 감면한도: 다음 각 목의 구분에 따른 금액 가. 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보 다 감소한 경우: 1억원에서 감소한 상시근로자 1명당 5백만원씩을 뺀 금액(해당 금액이 음수인 경우에는 영으로 한다) 나. 그 밖의 경우: 1억원 ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 중소기업 의 경우에는 제1항제2호의 규정에도 불구하고 제1항제2호에 따른 감면 비율에 100분의 110을 곱한 감면 비율을 적용한다. 1. 해당 과세연도 개시일 현재 10년 이상 계속하여 해당 업종을 경영 한 기업일 것 2. 해당 과세연도의 종합소득금액이 1억원 이하일 것 ○ 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】(법률 제17073호, 2020.3.23. ) ⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7 조, 제12조의2, 제31조제4항ㆍ제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조, 제63조의2제2항, 제64조, 제85조의6제1항ㆍ제2항, 제99조의11제1항, 제104조의24제1항, 제121조의8, 제121조의9제2항 , 제121조의17제2항, 제121조의20제2항, 제121조의21제2항, 제121조의 22 제2항과 제121조의2 또는 제121조의4에 따른 소득세 또는 법인세 의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다. 4. 관련예규 ○ 서면-2016-법령해석법인-3664, 2018.7.24. 귀 서면질의의 경우, 기존해석사례(기획재정부 조세특례제도과-578, 2018.7.23.)를 참조하시기 바랍니다. ○ 기획재정부 조세특례제도과-578, 2018.7.23. 수도권 과밀억제권역에 본사를 두고 3년 이상 제조업을 영위하던 법인이 본사 를 지방으로 이전한 후 도소매업을 추가하여 영위한 경우 이전 후 추가한 도소매업에서 발생한 소득은 「조세특례제한법 (2002.12.11. 법률 제6762호 로 일부개정된 것)」 제63조의2에 따른 감면대상 소득에 해당하는 것임. * 2015.12.15. 「조세특례제한법」제63조의2 개정으로 2016.1.1.부터 본사도 이전 후 업종이 동일해야 함을 명문화하였으므로 본 질의는 개정 전 사업연도에 대하여만 적용됨 ○ 재정경제부 조세지출예산과-241, 2006.4.24. 중소기업이 과세연도중에 수도권과밀억제권역 외 지역으로 공장을 이전한 경우 이전전 소득에 대하여는 중소기업특별세액감면을 적용하 고, 이전후 소득에 대하여는 수도권과밀억제권역 외 지역이전 세액감면 을 각각 적용할 수 있는 것임. ○ 소득세과-954, 2011.11.17. 귀 질의의 경우, 기존 해석사례(재조예46019-281, 2000.08.09)를 참조 하시기 바랍니다. ○ 재조예46019-281, 2000.08.09 수도권과 수도권 외 지역에서 각각 별도의 공장을 운영하면서 「조세특례제한법」제7조의 규정에 의한 세액감면을 적용받던 중소기업이 수도권안의 공장을 지방소재 공장과 동일부지 내로 이전한 경우 각 제품별로 제조설비 및 공장건물을 별도로 설치하고 제조공장이 서로 무관한 제품을 생산하여 구분경리가 가능한 경우에는 기존의 공장은 「조세특례제한법」 제7조 의 규정을 계속 적용받을 수 있는 것이며, 이전 후 공장은 같은 법 제63조의 규정과 제7조의 규정 중 선택하여 적용할 수 있음 다만, 같은 법 제63조의 규정을 적용함에 있어 시행령 제54조의 규정 에 따라 공장의 범위에 해당하는 지는 사실판단할 사항입니다. ○ 법인세과-768, 2009.7.3. 내국인이 동일사업장에서 제조업과 도매업을 겸영하고 업종별로 구분경리를 하는 경우에는 동일한 과세연도에 제조업 소득에 대하여 는 ｢조세특례제한법｣ 제6조 에 의한 ‘창업중소기업 등에 대한 세액감면’ 을 적용하고, 도매업 소득은 같은 법 제7조에 의한 중소기업에 대한 특별세액감면’을 적용할 수 있는 것입니다.